刘一明的内丹著述。刘一明撰有《易理阐真》、《修真辨难》、《象言破疑》、《阴符经注》、《参同直指》、《悟真直指》等十余种内丹专著，民国初辑为《道书十二种》刊行，流传颇广。并有《经验杂方》《眼科启蒙》等医书行世。其撰述之富，内丹学体系之庞大，在清代道士中堪称第一。刘一明的内丹学继承宋元南北二宗传统，并融摄理学，对内丹理论颇多发挥。
 

刘一明承金元全真道三教归一之论，以道、性命、中正之道一贯三教之学，其《指南针序》说：“性命之学中正之道也，中正之道，在儒谓之中庸，在释谓之一乘， 在道谓之金丹，乃贯通三教之理也。”

他尤多以道释儒，谓《大学》《中庸》俱身心性命之学，《易传》隐内丹火侯之秘，而尤以《易》为内丹哲学宗源，特撰《周易阐真》、《孔易阐幽》，以内丹释易，以易理论内丹，谓“丹道即易道，圣道即仙道”，丹经子书千帙万卷，总不外《易经》。

刘一明以所谓三教同源的“道”为内炼成仙的最终哲学依据，其《修真辨难》具体指明：“道者，先天生物之祖炁。”并谓道“在儒则名曰太极，在道则名曰金丹，在释则名曰圆觉。”其《周易阐真》则又说太极即人之“真心”，实际以“祖炁”、“真心”为一。

他对内丹理论的深化，主要表现在摄取理学之说，论述道与阴阳、性命、理气的关系，及性命、阴阳的先后天分别、内外二药等内丹学的重要理论问题。
 

刘一明从体用角度阐述了道与阴阳的关系。

《修真辨难》说：“一阴一阳之谓道，是就道之用言；无形无象，是就道之体言。”把儒家《易传》所谓“一阴一阳之道与道教所说无形无名之道归于一体。又从宇宙论的角度说：“太极未分之时，道包阴阳；太极既分之后，阴阳生道。在先天之为道，在后天则为阴阳。 道者阴阳之根本，阴阳者道之发挥。

所谓太极分而成阴阳，阴阳合而成太极，一而二二而一者也。”把从生成论角度着眼、作为天地根源的先天之道通过先后天、太极的纽带联结为一体。阴阳还被细分为先后天四个：“先天阴阳以气言，后天阴阳以质言。先天阴阳，太极中所含之阴阳；后天阴阳，太极中生出之阴阳。”阴阳又有内外之别：“内阴阳即后天之阴阳，生于形体；外阴阳即先天之阴阳，出于虚空。”这种琐细区分，较前人丹书中的阴阳学说，是深化了一些。
 

刘一明尤从内丹学传统的人身小天地等于宇宙大天地的天人合一哲学观出发，着重探究个人禀赋于道、而作为内炼成丹之本的“性命”。《修真辨难》说：“人受生之始，父精母血交合，杳冥之中，有一点造化氤氲之气入乎胞胎，始而无形生形，无象生象，五官百骸，四肢五脏，不期然而然。”人自出胞胎，落入后天阴阳，于后天阴阳一动一静中，又生先天，名曰性命，性命实即理气，“气即命，理即性”，为后天阴阳之体。“性命者阴阳之体，阴阳者性命之用”。性命二者，又分真假、先后天。性分天赋之性、气质之性为真，气质之性为假；道气之命为真，天数之命为假。真者先天之物，假者后天之物。“理气、天赋白手起家这分，皆取于理学哲学范畴。
 

刘一明认为内炼成丹之诀窍，在于发现后天身心中的先天性命，逆而运之，返本还元，复太极之全体，先后天混一，性命凝结，是谓丹成。而先天性命，产生于“玄关一窍”。

《修真辨难》对此窍的指陈至为神秘：“要知此窍在六根不着之地、五行不到之处。恍兮惚兮，其中有窍，杳兮冥兮，其内有门，自开自阖，呼之则应，鼓之则灵，明明朗朗，现现成成，迷之则远隔千里，悟之则近在眼前。”其意大盖指气功静定中“恍惚杳冥”的主观感受。内丹修炼的门径，宋元以来有北宗先性后命与南宗先命后性二途。刘一明对南北二宗之说兼蓄并存，主张宜依修炼者根机的利钝而各择其合宜之途。

《修真辨难》认为秉气清而性根利者，“一遇师诀，顿悟圆通，即认得未生以前面目，稳稳当当，从此不废渐修之功，保全这个面目”，谓之“由性修命”，乃北宗所主张者。至于秉气浊而性根钝者，不有“顿悟”，故必须由渐而顿，由勉而安，谓之“由命而修性”。这是南宗所主张者。《修真辨难》又分内丹为上中下三等法，分别适用于中下三等根机。上等“自在法”，中等“权度法”，大略即由性而修命、由命而修性之道。下等“攻磨法”，专为秉性鲁钝、识见不大的下根人所设，“必须心地下功，全抛世事，苦其心志，劳其筋骨，从一切艰难苦恼处狠力作造，忽地露出本来面目，从此再下实落功夫，与中上之法同辙也。”这种随机施教之说，较前人丹书有所深化。
 

刘一明着力阐述的，是一种性命双修的渐法，为南北二宗丹法的融合。《修真后辨》说：“道法两用，性命双修，方是无上一乘之道。须要循序渐近，不得躐等而求。”具体进程分十八诀、二十四要，大略仍不过炼已筑基、炼精、炼气、炼神四大段。第一“筑基炼己”，法则近于北宗起手修性，以“惩忿室欲、克己复礼”为纲，包括看破世事、斩断牵缠、穷究理义、除去嗔恨、舍的我身、不怕劳苦、忍辱受垢、饶人让人、物我同观、酒色不迷、饥寒顺受、生死任命、牢固阴精、打炼睡魔、苦己利人等名目，而“总以无己为归着。”

至于第二三段炼化精气的命术，大略承《悟真篇》之说，而其所示诀要尤近白玉蟾。如第二段采药、煅炼、沐浴等，以“知雄守雌，天然火候”为诀要；第三段服食大药、温养守中等，以“外无其身，内无其心，无思无为，不即不离”为诀要；第四段炼神还虚，，以“有无俱不立，天地悉归空”为诀要，以“打破虚空为了当”。

刘一明还把内丹最秘密的“火候”分为内外、采药、炼药、合丹、结丹、温养、脱丹、服食、结胎及修性、修命、文烹、武炼等多种，对女丹功亦有所论述。

他阐述内丹具体修炼方法虽较隐晦，但对内丹理论阐发的全面深入，可谓超出于清代内丹学诸家。